In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.
Gültig ab: 07.04.2014
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.
Vormittagstermin:
Nachmittagstermin:
Datum | Thema | Ansprechpartner | Vortragende morgens | Vortragende nachmittags | Zusätzliches Material |
07.04. | 1. Organisation , Anzahl Alignments | Linda | Linda | Linda | |
14.04. | 2. BWT in der Praxis | Nina | Nina | Nina | |
28.04. | Ostern | ||||
28.04. | 3. Score-Matrizen | Nina | Jan | Svenja | |
05.05. | 4. Primer Design | Jens | Jasmin | Cora | exampleDNA.txt |
12.05. | 5. Datenbanken und Datenformate | Jens | Vildan, Ann-Kathrin | Bianca, Anne | |
19.05. | 6. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche | Nina | Lillith | Boris, Helena | |
26.05. | 7. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik : Datenbanksuche | Linda | Ago | Phillip, Rudolf | Seq.fas |
02.06. | 8. q-Grams und de Bruijn-Graphen | Jens | Susanne | Judith, Cassandra | Edit-Distanz und Rank-Funktion |
09.06. | Pfingsten | ||||
16.06. | 9. Genom-Browser und Genomalignment | Jens | | Valeria, Carolin | |
23.06. | 10. Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal | Jens | Dorian | Elvira, Eva | unknown_query.fas |
30.06. | 11. Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE | Linda | Maryam | Tobias, Sascha | haem.fas |
07.07. | 12. Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN | Linda | Thomas | Sarah, Tim | dialign_sequences.fas |
14.07. | 13. RNA-Sekundärstrukturen | Nina | Yannik | Thomas |
Back to Teaching