Praktikum: Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung


392177 Wittler, Jelonek Sommersemester 2012 Block 12.03.2012-23.03.2012 - Werktags 10-18 Uhr in V6-116 ekvv

Inhalt

In dieser Veranstaltung werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. (Das Praktikum basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte.) Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Genvorhersage (Prokaryonten), Funktionsvorhersage, Genomannotation (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), komparative Genomanalyse, Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA-Microarrays, Software für Massenspektrometrie für Proteomik und Metabolomik.

In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden im Bereich der Genomforschung kennenlernen. Neben der Vermittlung von Kenntnissen über existierende Softwarewerkzeuge und Datenbanken sollen auch kleinere Eigenentwicklungen bis hin zu etwas größeren Projekten realisiert werden.

  • Die Teilnahme an der Vorlesung Algorithmen in der Genomforschung ist Voraussetzung

Anforderungen an die Vergabe von Leistungspunkten

Neben einer regelmäßigen und aktiven Teilnahme wird auch erwartet, dass die erarbeiteten Ergebnisse präsentiert werden.

Vorläufiger Zeitplan

Datum Thema
Mo, 12.03.2012 1) Einführung, Organisatorisches; Unix, Perl
Di, 13.03.2012 2) Sanger Sequencing and Assembly: phred phrap
Mi, 14.03.2012 3) Finishing with CONSED, primer design
Do, 15.03.2012 4) Genome Rearrangement: Vorbereitung echter Daten für eine DCJ Distanz Berechnung
Fr, 16.03.2012 5) Gene prediction with Glimmer, Critica and Gismo
Mo, 19.03.2012 6) Funktionsvorhersage: Blast, TMHMM, SignalP; Konsistenzcheck mit Pfam
Di, 20.03.2012 7) Funktionsvorhersage mit HMM: selber programmieren
Mi, 21.03.2012 8) Operonprädiktion
Do, 22.03.2012 9) Microarray Probe Design
Fr, 23.03.2012 10) komparative Analyse von Massenspektren (Nils Hoffmann)