Praktikum: Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung


392177 Husemann, Wittler Sommersemester 2011 Block 21.03.2011-01.04.2011 Werktags 10-18 Uhr in V6-116 ekvv

In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden im Bereich der Genomforschung kennenlernen. Neben der Vermittlung von Kenntnissen über existierende Softwarewerkzeuge und Datenbanken sollen auch kleinere Eigenentwicklungen bis hin zu etwas größeren Projekten realisiert werden.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

  • Teilnahme an der Vorlesung Algorithmen in der Genomforschung
  • Eintragung in eine Liste an der Pinnwand auf U10 (Gegenüber von U10-147), da nur begrenzt viele Rechnerplätze zur Verfügung stehen.

Anforderungen an die Vergabe von Leistungspunkten

Neben einer regelmäßigen und aktiven Teilnahme wird auch erwartet, dass die erarbeiteten Ergebnisse präsentiert werden.

Vorläufiger Zeitplan

Datum Thema
Mo, 21.03.2011 1) Einführung: Organisatorisches; Unix, Perl
Di, 22.03.2011 2) Sanger Sequencing and Assembly: phred phrap
Mi, 23.03.2011 3) Next gen. sequencing: 454 / Illumina, Finishing with CONSED, primer design
Do, 24.03.2011 4) Comparative assembly: r2cat
Fr, 25.03.2011 5) Genome Rearrangement: Vorbereitung echter Daten für eine DCJ Distanz Berechnung
Mo, 28.03.2011 6) Gene prediction with Glimmer, Critica and Gismo
Di, 29.03.2011 7) Funktionsvorhersage: Blast, TMHMM, SignalP; Konsistenzcheck mit Pfam
Mi, 30.03.2011 8) Funktionsvorhersage mit HMM: selber programmieren
Do, 31.03.2011 9) Operonprädiktion
Fr, 01.04.2011 10) Microarray Probe Design